۲-۲-۲-۲- صفحه های بتا…………………………………………………………………………………………۳۳
۲-۲-۳- ساختار سوم………………………………………………………………………………………………..۳۳
۲-۲-۴- ساختار چهارم……………………………………………………………………………………………..۳۳
۲-۳- اسیدآمینه………………………………………………………………………………………………………..۳۴
۲-۴- ساختار اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………………..۳۵
۲-۵- ایزومری در اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………..۳۶
۲-۵-۱- ساختار و نماد تعدادی اسیدآمینه…………………………………………………………………..۳۶
۲-۶- مولکول آب………………………………………………………………………………………………….۴۶
۲-۶-۱- مدلهای آب……………………………………………………………………………………………….۴۶
فصل سوم: دینامیک مولکولی
۳-۱- مقدمه…………………………………………………………………………………………………………………۵۱
۳-۲- معادلات حرکت………………………………………………………………………………………………….۵۳
۳-۳- دینامیک نیوتنی………………………………………………………………………………………………….۵۴
۳-۴- شرایط مرزی تناوبی…………………………………………………………………………………………..۵۶
۳-۴-۱- اثرات سطحی……………………………………………………………………………………………….۵۶
۳-۴-۲- از بین بردن اثرات سطحی……………………………………………………………………………..۵۷
۳-۵- نیروهای کوتاه برد……………………………………………………………………………………………..۵۹
۳-۶- محاسبه نیروهای بلند برد……………………………………………………………………………………۶۰
۳-۷- سازماندهی شبیه سازی………………………………………………………………………………………۶۰
۳-۷-۱- شرایط حالت………………………………………………………………………………………………..۶۰
۳-۸- شرایط مرزی……………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹- سازماندهی شبیه سازی……………………………………………………………………………………..۶۱
۳-۹-۱- مرحله آغازین………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۲- مقدمات………………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۳- شرایط اولیه برای اتمها………………………………………………………………………………….۶۲

۳-۱۰- تعادل……………………………………………………………………………………………………………۶۲
۳-۱۱- تولید…………………………………………………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲- ارزیابی قابل اطمینان بودن نتایج……………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲-۱- تعادل………………………………………………………………………………………………………..۶۴
۳-۱۲-۲- بررسی قوانین بقا……………………………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲-۳- بررسی مقادیر خواص مختلف…………………………………………………………………….۶۵
فصل چهارم: معرفی پتانسیل ها و نرم افزارهای بکار رفته
۴-۱- پتانسیل ترسوف…………………………………………………………………………………………….۶۷
۴-۲- پتانسیل لنارد-جونز……………………………………………………………………………………….۶۸
۴-۳- میدان نیروی چارم…………………………………………………………………………………………۷۰
۴-۴- ویژگیها و قابلیت‌های برنامه لمپس…………………………………………………………………….۷۱
۴-۵- نرم افزار پکمول……………………………………………………………………………………………۷۲
فصل پنجم: شبیه سازی و نتایج
۵-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………….۷۵
۵-۲- شروع شبیه سازی…………………………………………………………………………………………۷۵
۵-۳- نتایج شبیه سازی…………………………………………………………………………………………..۷۸
۵-۳-۱- نوسانات دما بر حسب زمان شبیه سازی………………………………………………………۷۹
۵-۳-۲- نوسانات فشار حول مقدار متوسط یک اتمسفر…………………………………………….۸۱
۵-۳-۳- نوسانات چگالی سیستم در طول زمان شبیه سازی………………………………………..۸۲
۵-۳-۴- تغییرات شعاع ژیراسیون پروتئین………………………………………………………………..۸۳
۵-۳-۵- بررسی انرژی واندروالسی……………………………………………………………………………..۸۶
۵-۳-۶- فاصله پروتئین و گرافن بر حسب زمان…………………………………………………………..۸۸
۵-۳-۷- تغییرات فاصله اسیدآمینه ها و گرافن بر حسب زمان………………………………………..۸۹
۵-۳-۸- بررسی حرکت پروتئین بر روی سطح گرافن…………………………………………………..۹۱
۵-۴- نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………….۹۲
فهرست منابع…………………………………………………………………………………………………………..۹۴
چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………….۹۷
فهرست شکل ها
عنوان صفحه