خطاهای ناشی از ورود اطلاعات: مدیریت منابع انسانی الکترونیک صرفاً می ­تواند به خوبی برنامه ­های انسانی و کاربران نهایی عمل کند.
کاهش تماس­های میان فردی: استفاده از مدیریت منابع انسانی الکترونیک باعث دور شدن افراد از یکدیگر خواهد شد و تعامل میان مدیران با کارکنان کاهش خواهد یافت.
استفاده نامناسب به دلیل ذهنیت انعطاف­ناپذیر: به منظور استفاده مناسب از مدیریت منابع انسانی الکترونیک، ضروری است که کارمندان نوع ذهنیت خود را نسبت به آن تغییر دهند، نظر به اینکه بسیاری از افراد هنوز در استفاده از فناوری درباره ابعاد قطعی حرفه خود نامطمئن هستند. اگر این تغییر در فناوری هماهنگ با تغییر در ذهنیت و فرهنگ سازمان نباشد، می ­تواند منجر به شکست مالی شود.
تهدید برای خود منابع انسانی: تمایل برای وابسته بودن به فناوری ، تکیه بر نیروی انسانی را کاهش خواهد داد و از این رو خطر بزرگی برای شالوده اصلی منابع انسانی در پی خواهد داشت.( جایی که منابع انسانی به عنوان یک دارایی و سرمایه برای دستیابی به اهداف سازمانی و برآوردن ماموریت و چشم انداز شرکت در نظر گرفته می­ شود) (Kaur, 2013).

از سوی دیگر مهم­ترین چالش­های پیش­روی سیستم­های مدیریت منابع انسانی الکترونیکی به نظر متخصصان عبارتند از :
هزینه سرمایه ­گذاری برای سیستم­های اطلاعاتی منابع انسانی و سیستم مدیریت منابع انسانی الکترونیکی و توسعه ­های آن یک مشکل اصلی است.
بعضی از سیستم­ها با مقاومت مدیریت به منظور انجام گروهی از وظایف روبه رو می­ شود.
بعضی از سیستم­های مدیریت منابع انسانی الکترونیک به دلیل داشتن واسط کاربر غیر متعارف باعث مقاومت کارکنان می­ شود.
بعضی از سیستم­ها بدون تفکر کافی نصب می­شوند. به عبارت دیگر در مورد اینکه ایا سیستم جدید با سیستم­های قبلی و موجود سازمان منطبق است یا خیر ، به اندازه کافی فکر نمی­ شود.
مستند­سازی و اموزش کم و نامناسب می ­تواند بکارگیری سیستم را کاهش دهد و به جای آن مقاومت در برابر این سیستم را دقیقا از سوی کارمندان و مدیرانی افزایش دهد که قرار بوده است از ان حمایت کنند. همان طور که مشاهده می­ شود ، مقاومت بزرگترین علت چالش­های مرتبط با مدیریت منابع انسانی الکترونیکی است (حسینی و دیگران ، ۱۳۸۸) .

جدول ۳-۲) چالش­های مدیریت منابع انسانی الکترونیکی (حسینی و دیگران ، ۱۳۸۸)
۶-۱-۲) واحد مدیریت منابع انسانی مجازی
مدیریت منابع انسانی مجازی مرتبط با افرادی است که از راه دور و خارج از اداره مجازی خودشان به کار خود ادامه می­ دهند. ارزیابی واحد مدیریت منابع انسانی مجازی مبتنی بر نیروهای شش گانه موثر می­باشد. نیاز است که این نیروها مهار شده و پاسخگوی شرکتهایی باشند که به قرن ۲۱ نزدیک می­شوند. نیروهای شش­گانه ای که در ادامه اشاره می­شوند، باید به وسیله آن واحدهای مدیریت منابع انسانی مجازی­ای که می­خواهند به صورت مستمر بر ارزش خود افزوده و همزمان هزینه­ها را کاهش دهند، مورد توجه قرار گیرند:
۱- فناوری اطلاعات: متخصصان مدیریت منابع انسانی مواجه با آینده­ای دیجیتالی هستند. رشد سریع در زمینه سخت­افزارها و نرم­افزارها و شبکه ­های کامپیوتری و خدمات تلفن برای جنبش مدیریت منابع انسانی مجازی کاملاً ضروری است. این نکته تصادفی نیست که در آینده­ای نزدیک واحدهای مدیریت منابع انسانی مجازی تبدیل به هنجار خواهند شد. این امر به ویژه با افزایش پیچیدگی و هزینه­ های پایین تر از فناوری و فرآیندهای خودکار عصر اطلاعات همراه خواهد بود.
۲- باز مهندسی فرآیندها^[۲۷]: مدیران مدیریت منابع انسانی استراتژیک به طور مداوم در جستجوی راههایی برای ساده کردن و بهبود فرآیندهای کسب و کار اصلی به منظور کارآمدتر ساختن آنها هستند. تمام فرآیندهای کسب و کار (به ویژه آنهایی که در واحد مدیریت منابع انسانی واقع شدند) را میتوان از طریق نرم افزارهای ماهرانه فناوری اطلاعات، بازمهندسی کرده و بهبود بخشید.
۳- مدیریت با سرعت بالا: تمامی شرکتها برای رقابت کردن در این قرن باید هوشمندانه تر و سریع­تر عمل کنند. مدیریت منابع انسانی مجازی قطعاً در مقایسه با مدیریت منابع انسانی سنتی دارای شکل هوشمندانه تر و سریع­تری برای ارائه خدمات می­باشد.
۴- سازمانهای شبکه­ ای^[۲۸]: ظهور واحدهای مدیریت منابع انسانی مجازی به احتمال قوی در سازمانهای شبکه­ ای بیشتر از شرکت­های بوروکراتیک و سنتی نمود پیدا خواهد کرد. گسترش فناوری اطلاعات از جمله شبکه ­های محلی، پست الکترونیکی و شبکه ­های داخلی شرکتها بعنوان علائم تجاری یک شرکت شبکه­ ای تخت تر می­باشند. موج جدیدی از سازمانها، فناوری جدید و به اشتراک­گذاری اطلاعات را جهت قدرت بخشیدن به تمامی سطوح پرسنل پیشنهاد می­ کنند.
۵- کارگران دانشی^[۲۹]: سازمانهای قرن ۲۱ بر سر اطلاعات و دانش استراتژیک رقابت خواهند کرد. این ” سازمانهای یادگیرنده^[۳۰]” افراد خود را از میان افراد خود راهبر و دانا به کامپیوتر و کارگران دانشی استخدام خواهند کرد. این کارگران در استفاده از اطلاعات برای شناسایی سریع و شکار فرصت­های کسب و کار عالی عمل خواهند کرد، در حالیکه بطور همزمان مشکلات پر هزینه را با پشتکار خود حل خواهند نمود.
۶- جهانی شدن^[۳۱]: تقریباً تمام شرکتها برای تکمیل موفقیت خود در قرن ۲۱، باید یک استراتژیک کسب و کار جهانی را اتخاذ کنند. این مففوم به معنی آن است که واحدهای مدیریت منابع انسانی باید توانایی ارائه خدمات به تمامی کارمندان خود را در سرتاسر کره زمین داشته باشند. بطور آشکارا، یک واحد مدیریت منابع انسانی مبتنی بر فناوری که در چارچوب­بندی فناوری اطلاعات مهارت دارد، بهترین موضع برای پشتیبانی از نیروی کار جهانی شده می­باشد Sanayei & Mirzaei , 2008)).
­­
شکل۲-۲) نیروهای شش گانه موثر برای ارزیابی کردن واحد مدیریت منابع انسانی مجازی