مصدق خود را ملزم می دید که از لایه آن دسته از وکلای مردم که ظاهراً به خواست موکلین خویش پشت کرده بودند و در کار دولت ملی اشکال تراشی می کردند, بگذرد و مستقیم به مردم رجوع کند. باید توجه داشت که کارگزاران سیا و اینتلیجنت هر هفته یک میلیون ریال به کار خرید نمایندگان صرف می کردند^[۳۹۸]دست کم یک سوم از نمایندگان عملا حقوق بگیر MI6 و سیا بودند.^[۳۹۹]در سالهای بعد طبق گفته کاشانی ، ۸۰ درصد علما و روحانیون از حقوق بگیران سفارت انگلستان بودند که ابوالقاسم گازری از بهاءالدین نوری نام برد که وی داماد محمد بهبهانی بود اما کاشانی گفت نام نبرید.^[۴۰۰]
جهت رایزنی و حل مسائل میان نخست وزیر, رئیس مجلس و دربار, مجلس هیئت ۸ نفره ای را انتخاب کرد. این هیئت, از آقایان مجدزاده, سنجابی و معظمی, نمایندگان “فراکسیون نهضت ملی” و آقایان رفیع, مکی, بقایی, حائری‌زاده و گنجه ای, منتخبین سایر دستجات مجلس, تشکیل شده بود.. یکی از موارد اختلاف مصدق با شاه, تعریف و تبیین دقیق حدود و وظایف نخست وزیر در رابطه با مقام سلطنت بود. بر اساس سه اصل ۳۵,۴۴,۴۵, هیئت ۸ نفره نظر داد که, “بدیهی است که اداره و مسئولیت امور مملکتی اعم از کشوری و لشگری از شئون مقام شامخ سلطنت نبوده. حقوق هیئت دولت و وزیران است که در اداره امور وزارتخانه های مربوطه بنام اعلیحضرت همایونی سعی و کوشش در اجرای مقررات قانونیه نموده و منفرداً و مشترکاً از عهده مسئولیت در مقابل مجلس شورای ملی برآیند.” مخالفین این گزارش, که در میان آنها, بقایی و حائری زاده خود عضو هیئت ۸ نفره بودند, احساس می کردند که در نتیجه این گزارش, قدرت شاه به نفع مصدق تضعیف می شود, حال آنکه هیچ گونه خللی در قدرت نخست وزیر در رابطه با مجلس به وجود نمی آید. مصدق به مخالفین خود پیام داد که خیال کناره گیری ندارد و آنها برای رسیدن به مقصود خود, دو وسیله در اختیار دارند. یا باید او را به قتل برسانند و یا در مجلس به دولت وی رأی عدم اعتماد بدهند.. آیت الله کاشانی به خبرنگاران ایتالیایی گفت که “هیچ گونه اختلافی” با دولت ندارد, اما, “فقط از لحاظ حفظ قانون اساسی” با ادامه اختیارات نخست وزیر مخالفت کرده بود… گزارش هیئت ۸ نفره به گره کور یا “معمایی” سیاسی مبدل شد, که تنها راه درمان آن همه پرسی از مردم در مورد ادامه حیات یا انحلال مجلس هفدهم بود.

در ۵ مرداد مصدق پیامی از رادیو خطاب به مردم ایراد کرد: هموطنان عزیز هر قدمی که تا کنون برداشته شده بعد از مشیت الهی بواسطه اتحاد و حمایت عموم ملت ایران بوده و هرکس ادعا کند در این کارسهمی بیش از دیگران داشته ادعایش باطل و بی اساس است ، ما هم در این مبارزه با هم همکاری کرده ایم ، امروز اگر بر اثر اغراض خصوصی عده ای منحرف شده باشند در صورتیکه ملت ایران با منحرف شدگان همکاری نکند و آنان را از خود براند اقدامات اجانب بجایی نخواهد رسید. در میان مخالفین امروزی عده ی قلیلی هستند که در شروع این نهضت از همراهان بوده اند ولی به علتی که ترک ذکر آن اولی است اکنون ملت را در آخرین مراحل پیروزی رها ساخته و در تضعیف دولت و جلوگیری از پیشرفت آمال ملی حتی از مخالفین قدیم هم پیش افتاده اند…، آیا مخالفین فعلی تصور نمی کنند در صورت ادامه این وضع ثمره ی فداکاری ها و جانبازی چندین ساله ی ملت ایران که اکنون به آخرین مراحل خود نزدیک می شود به هدر رود و لعن و نفرین ابدی برای آ؛نان در تاریخ ایران باقی بماند؟ و سپس در مورد مجلس سخنان خود را ادامه می دهد: در این مجلس گروهی از مخالفین و ایادی سیاست بیگانه با بعضی از منحرف شدگان می کوشند که زمام امور را بدست دولتی بدهند که بتوانند مطامع بیگانگان و منافع آنان را تامین کند و برای این منظور تریبون مجلس را وسیله تبلیغات قرار داده اند و دولت از مردم تقاضا می کند عقیدی خود را در ابقاء یا انحلال آن صریحا اظهار کند، قانون ها ، مجلس ها ، دولت ها همه برای خاطر مردم بوجود آمده اند نه مردم بخاطر آنها. وقتی مردم یکی از آنها را نخواستند می توانند نظر خود را درباره آن ابراز کنند در کشورهای دموکراسی و مشروطه هیچ قانونی بالاتر از اراده ی ملت نیست.^[۴۰۱]
مواضع روحانیون درقبال رفراندوم :
عداوت کاشانی با مصدق و یکدندگی این دو به مرحله ای رسیده بود که کاشانی جهت سرنگون کردن مصدق, باکی از اتحاد با نامتجانس ترین عناصر نداشت. تصویری که علاء از شاه ارائه می دهد روشن می کند که چهار ماه قبل از کودتای ۲۸ مرداد, شاه مایل نبود کوچک ترین قدم غیرقانونی, که با اختیارات مشخص او در چارچوب قانون اساسی مغایرت داشت, جهت برکناری و تعویض مصدق بردارد. شاه نیز در اردوگاه خود و در میان اطرافیان و مشاورین خود تنها بود.
در اواسط دی ماه ۱۳۳۱, هفته نامه “دمکرات اسلامی” که بیانگر نظرات محور کاشانی – بقایی بود، مصدق را سیاستمداری محبوب می دانست که توسط مشاورین ناباب خود, یعنی اعضای “حزب ایران” محاصره شده بود. اما از ۹ اسفند, صف بندی ها مشخص و آرایش نیروها به سرعت معین می شود و محور کاشانی- بقایی نیز مجبور می شود موضعی شفاف تر در مقابل مصدق اتخاذ کند. به فاصله دو ماه, “مصدق محبوب” تبدیل می شود به پیرمردی جاه طلب, خودخواه و فریفته تملق که با بی شرمی “ادعا می‌کند که ملتی طرفدار” دولت اوست، در حالی که با همین ادعا مجبور می شود “با زیرشلواری از پشت بام فرار کند.”^[۴۰۲]
با آمدن سالگرد ۳۰ تیر قوام تهران را ترک کرد و به کرج رفت ، بقایی و زهری در مجلس بَست نشستند و زاهدی به خاطر ترس آنجا نماند ، مهندس حسیبی در سخنرانی این روز گفت مردم ایران به شخص توجهی ندارند و به عملیات اشخاص توجه می کنند افراد نباید مورد پرستش شما باشند این خلاف مذهب است هر کس اعم از آیت الله(منظور کاشاتی) و غیره وظایف خود را انجام داد آنها را دوست بدارید و هر کس منحرف شد او را تنبیه کنید.^[۴۰۳]
مخالفین مصدق سخت امیدوار بودند که کاشانی مجدداً به ریاست مجلس انتخاب شود و گمانه زنی می کردند که حدود ۴۰ رأی بدست خواهد آورد. با نزدیک شدن روز انتخابات و کاندیداتوری معظمی به عنوان گزینه فراکسیون “نهضت ملی", روزنامه شمس قنات آبادی اعلام کرد که “با ریاست مجلس دکتر معظمی توطئه تغییر رژیم عملی خواهد شد." ^[۴۰۴]
در جلسه فوق العاده چهارشنبه دهم تیر ۱۳۳۲ از ۷۲ نفر نماینده حاضر, ۴۱ نفر به معظمی و ۳۱ نفر به آیت الله کاشانی رأی دادند. به این ترتیب, مخالفین مصدق سنگر ریاست مجلس را نیز از دست دادند و در همین جلسه, زهری, عضو فراکسیون “نجات نهضت” دولت را به دلیل شکنجه متهمین به قتل افشار طوس, استیضاح کرد.
آیت‌الله کاشانی به مناسبت انتخابات ریاست مجلس، اعلامیه‌ای منتشر کرد و در آن نظر صریح خود را نسبت به دکتر مصدق اعلام داشت. اعلامیه کاشانی فتوایی مسلم بر علیه مصدق و دعوتی عام جهت خلع، محاکمه و اعدام او بود. آیت‌الله اعلام کرد که، “در این چند روزه اخیر مشهود افتاد که رئیس دولت نمایندگان مجلس را در “تحت عنوان اضطرار” به تعطیل مجلس و مشروطیت تهدید کرده است. ولی من به شما مردم به خلاف آن یاغی طاغی که در کشور مشروطه ایران به خیال خداوندگاری افتاده است می‌گویم مشروطه ایران هرگز نخواهد مرد و هر خودسر مطلق‌العنانی که پای خود را در راه بدکاری و به خیال ایجاد دیکتاتوری در امحاء اصول قانون اساسی بگذارد محکوم به شکست، بر طبق قوانین مملکتی مقدم بر علیه مشروطیت ایران بوده و تسلیم چوبه‌ دار خواهد شد.”^[۴۰۵] کاشانی بعدها در اظهار نظری در مورد مصدق گفته بود: «تا کنون هیچ دولتی به اندازه‌ی دولت دکتر مصدق به این کشور خدمت نکرده، ولی افسوس که در اواخر اطرافیان او را منحرف نمودند.»^[۴۰۶]
مصدق معتقد بود که هرگاه در مجلس بحرانی بوجود می آمد نتیجه منفی آن “در لحن مذاکرات و طریقه صحبت” طرف های گفت و گوی ایران بر سر مسئله نفت هویدا می شد و آنها این وقایع را نشانی از تزلزل دولت او تلقی کرده و در مواضع خود که به سود ایران نبود, سرسخت‌تر می شدند. به نظر مصدق تنها چهل نماینده امین و وطن پرست که رأی خود را نفروخته بودند در مجلس وجود داشت و از آن بیم داشت که انگلیسی ها با یکصد هزار تومان , ده رأی از این چهل رأی را نیز بخرند. استعفای دسته‌جمعی نمایندگان فراکسیون “نهضت ملی", در غروب ۲۳ تیر در فاصله دو هفته پس از انتخابات معظمی به ریاست مجلس جهت هموار کردن راه رفراندوم، بر نگرانی‌های کاشانی و بقایی افزود. به دنبال استعفای دسته جمعی این ۲۶ نفر, اول ابوالفضل تولیت و به دنبال او اعضای فراکسیون کشور و “اتحاد” هم از مقام نمایندگی خود استعفا دادند. در روز ۲۷ تیر، رفیع نیز استعفا داد. یک روز قبل از رفراندوم ۱۲ مرداد, با استعفای معظمی, رئیس مجلس, تعداد وکلای مستعفی به ۵۷ نفر از ۷۹ نفر رسید و مجلس تعطیل شد فقط ۲۲ نماینده استعفا ندادند و در نتیجه تشکیل جلسات مجلس بواسطه فقدان حد نصاب دیگر میسر نبود.کاشانی، تصمیم مصدق جهت رفراندوم و انحلال مجلس هفدهم را در راستای روندی می‌دانست که از دیدگاه او از دیماه ۱۳۳۱، با طرح موضوع تمدید اختیارات آغاز شده بود و با گذشت زمان، راه را جهت حکومت فردی، استبدادی و مطلق‌العنان مصدق هموار می‌کرد
بعد از پیشنهاد همه پرسی در ۵ مرداد ۳۲ ، کاشانی اعلامیه ای صادر کرد و مصدق را به خود محوری و سواستفاده از نهضت ملی برای بدست آوردن دیکتاتوری متهم کرد. و در روز ۷ مرداد، آیت‌الله کاشانی اعلامیه دیگری انتشار داد. کاشانی در این اعلامیه رفراندوم را خلاف قانون و قانون‌شکنان را خائن و مستحق شدیدترین مجازات‌ها دانست. او نه تنها به اصل رفراندوم بلکه به شیوه انجام آن هم ایراداتی گرفت و نتیجه گرفت که، هر کس چنین رفراندومی بکند نتیجه به کام او خواهد بود. در روزنامه اطلاعات ۹ مرداد ۳۲ گفت : «در تمام مدتی که ایشان زمامدار است قدم مفید به حال شما که بتواند از آن اسم ببرد برنداشته ، هر روز وعده های بزرگ می دهد و فردا عذر می آورد که من می خواستم این کارها را بکنم ولی عمال اجنبی کارشکنی کردند و به ادعای او عامل اجنبی هرکسی است که از او مواخذه بکند ، این مجلس وقتی به دکتر مصدق اختیارات غیر قانونی می دهد ملی و وقتی او را استیضاح می کند عامل اجنبی است. رفراندوم می کنند که رژیم مملکت را معین سازند و الامملکتی که قانون اساسی دارد و حکومتش مشروطه است هیچ راهی برای فرار از استیضاح و دست زدن به رفراندوم ندارد . کاتوزیان رفراندوم را غیر قانونی نمی داند و می گوید با اینکه این تصمیم از لحاظ سیاسی اشتباه و دو هفته بعد منجر به کودتا علیه دولت و سرنگونی آن شد اما غیر قانونی نبود همچنانکه در انگلیس هم نخست وزیر می تواند مجلس عوام را تعطیل کند با این تفاوت که مصدق این کار را نکرد و آنرا به عهده مردم گذاشت . با استعفای دو سوم وکلای مجلس ، رفراندوم معنایی نداشت چون مجلس خود به خود تعطیل شد و حتی اگر مردم به رفراندوم رای منفی می دادند چاره ای جز انحلال مجلس ۱۷ و انتخابات جدید نبود حال چه محل رای گیری موافقان و مخالفان جدا باشد یا نباشد و این کار هم بخاطر امنیت و جلوگیری از اغتشاش بود.
مخالفین دولت یک سلسله سخنرانی که بعد از نماز مغرب و عشا در منزل کاشانی بر علیه دولت تدارک دیدند که اولین آنها در ۷ مرداد تشکیل شد و در پی سخنرانی تعدادی از نمایندگان مخالف دولت ، با سروصدا و اعتراض مردم سخنرانی ها ناتمام ماند فردای آن روز علمای نجف از جمله گلپایگانی و عبدالهادی شیرازی و کاشف الغطا از انتشار مطالب توهین آمیز نسبت به کاشانی اظهار تاثر و تالم کردند
بنا به گزارش ویلبر, مامورین ایستگاه سیا کوشیدند تا قبل و بعد از تاریخ انجام رفراندوم, حداکثر بهره برداری را از “غیرقانونی بودن” این همه پرسی بکنند. در روز ۱۲ مرداد, مردم پایتخت رأی خود را, در مراکز رای گیری متفاوتی که موافقین انحلال مجلس را از مخالفین آن متمایز می کرد به صندوق ها ریختند. در تهران و حومه ۱۵۵۵۴۴ نفر به انحلال مجلس و ۱۱۵ نفر به ابقای آن رأی دادند.
ظهر روز شنبه، ۱۰ مرداد یکی از منسوبین آیت‌الله کاشانی اعلامیه‌ای با دست خط ایشان را به مجلس برد و برای مخبرین جراید قرائت کرد. کاشانی در این اعلامیه مهم که تکلیف شرعی خود را با رفراندوم و مصدق روشن می‌کند به مؤمنین و مقلدین خود حکم می‌کند که، “البته و البته هیچ مسلمان وطن‌خواهی” در آن شرکت نخواهد کرد.کاشانی در گفتمان خود بر علیه مصدق، عمدتاً از بحث‌هایی در دفاع از قانون اساسی، مشروطیت و دموکراسی استفاده می‌کند و از ادله دینی تنها جهت تحکیم، تقویت و مشروعیت دادن به ادعاهای سیاسی خود بهره می‌برد. بهره گیری از دین برای پیشبرد مقاصد سیاسی، از سوی بروجردی و بهبهانی مورد تایید یا تاسی قرار نگرفت. بروجردی همچنان از موضع گیری شفاف پرهیز می نمود و گفتند من وارد در امور سیاسی نبوده ام کار من بحث و اظهار نظر در مسائل شرعی است با این حال گفته می شد که بروجردی نیز نسبت به عمل رفراندوم عصبانی بود و مخالفت وی بود که به بهبهانی جرات داد که اقدام به تحریم بکند بروجردی این نظر را داشت که به عنوان اعتراض ایران را ترک کند که البته در حد همان نظر باقی ماند.^[۴۰۷]
در ساعت نه و نیم شب ۱۰ مرداد، درگیری سختی میان جمعیتی که شعار “مصدق پیروز است” می‌داد و به منزل کاشانی نزدیک می‌شد و مدافعین منزل کاشانی روی داد… در این جنگ و جدال سیاسی، که هواداران “حزب ملت ایران برمبنای پان‌ایرانیسم” و “نیروی سوم” که مدافع سیاست‌های دولت بودند از یک سو و هواداران کاشانی و بقایی از سوی دیگر به جان یکدیگر افتاده بودند، محمد حدادزاده از مدافعین منزل کاشانی و عضو “مجمع مسلمانان مجاهد” به وسیله شانزده ضربه چاقو به قتل رسید و عده‌ای نیز از جمله فروهر رهبر “حزب ملت ایران” و همچنین رئیس کلانتری ۹ مجروح شدند. فردای انتشار اعلامیه آیت‌الله کاشانی، نامه‌ای از طرف آیت‌الله بهبهانی به دکتر مصدق در جراید منتشر گردید. بهبهانی از “غوغای رجوع به افکار عمومی"، اعلام تحیر نمود و عواقب چنین عملی را “وخیم” دانست. او نیز بر این نکته که انحلال مجلس از طریق همه پرسی، “در قوانین مملکت پیش‌بینی نشده و سابقه ندارد و مخالف با افکار عامه مردم است” تأکید کرد^[۴۰۸]و از دکتر مصدق خواست تا در تصمیم خود برای انحلال مجلس و ابقای دولت تجدید نظر کند.
در ۱۹ مرداد, مردم شهرستان ها نظر خود را در مورد مجلس اعلام کردند. براساس اعلامیه وزارت کشور در مورد نتیجه قطعی رفراندوم, در کل کشور, دو میلیون و چهل و سه هزار و سیصد و هشتاد و نه رای موافق انحلال مجلس هفدهم و یک هزار و دویست و هفت رای مخالف, به صندوق ها ریخته شده بود. به این ترتیب, مردم با ۹۹٫۴ درصد رأی به انحلال مجلسی دادند که به دنبال بحران آفرینی اقلیتی, فلج شده و قادر به قانون گذاری نبود و از همه مهم تر رو در روی مصدق و دولت او قرار گرفته و به دنبال متزلزل ساختن آن بود. مردم در ضمن, با رأی قاطع, حمایت خود را از شیوه کار و سیاست های مصدق و دولت او به ثبت رسانده بود
در خلال همه پرسی ، پایگاه سیا در تهران گزارش داد که عوامل و جاسوسان آن برای بهره برداری از عدم مشروعیت همه پرسی ، دست به تلاش مضاعف زده اند این روزها یکی از رهبران مذهبی در هر بیانیه ای که صادر می کرد بر این نکته تاکید می ورزید.^[۴۰۹] قم مستقیما اعلامیه ای صادر نکرد و بهبهانی نتوانست دلایلی مذهبی برای حرام دانستن همه پرسی بیابد اما کاشانی از تحریم دینی آن فرو نماند و رفراندوم را حرام دانست : ” شرکت در رفراندوم خانه برانداز که با نقشه اجانب طرح ریزی شده ، مبغوض حضرت ولی عصر عجل الله تعالی فرجه و حرام است و البته هیچ مسلمان وطن خواهی در آن شرکت نخواهد کرد. گرچه ممکن است بعضی اشخاص غافل و بی اطلاع از حقایق و مضار آن و خائنین وطن فروش برای انجام مقاصد شوم دیگران در رفراندوم شرکت کنند یا این که دولت صندوق را از آرای قلابی پرکند. علی أی حال عمل به رفراندوم بر خلاف قانون اساسی و مصلحت مملکت و ملت بوده و هیچگونه اثر قانونی ندارد. “^[۴۱۰]
رفراندوم مرداد ماه را اگر وسیله سنجشی ناقص اما به هر حال گویای میزان کلی محبوبیت و مشروعیت مصدق در میان رای‌دهندگان بدانیم، نتیجه می‌گیریم که آن بخش از مردم ایران که حق رأی داشتند، از سیاست‌های مصدق حمایت و پشتیبانی می‌کردند.
حتی آنها که درباره دیکتاتوری مصدق قلم‌فرسایی می‌کردند و در مجلس، لایحه اختیارات او را با درخواست هیتلر از پارلمان آلمان یکسان می‌خواندند، نیک می‌دانستند که تنها در حکومت شبه دموکراتیک مصدق است که آزادی‌ها اگر چه افتادن و خیزان، اما عمدتاً مراعات می‌شود.
فروپاشی مجلس هفدهم به وسیله همه پرسی عمومی ،کاشانی را به سمت مخالفت و دشمنی با دولت مصدق گرایش داد. با انحلال مجلس ، نمایندگان مخالف مصونیت پارلمانی و تریبون آزاد خود را از دست دادند و دولت بهتر توانست سیاست خود را دنبال کند، به غیر از نماز عید فطر آیت الله کاشانی در ۲۳ خرداد, هیچ گونه تظاهرات یا میتینگ سیاسی ای از سوی مخالفین مصدق و هواداران شاه تا ۲۸ مرداد در تهران روی نداد. در پایان نماز عید فطر که در مسجد سلطانی برگزار شده بود و به روایتی “ده ها هزار نفر” در آن شرکت کرده بودند, نمازگزاران شعار, “مرگ بر مصدق” “مرگ بر دولت ضددین” و “مرده باد دشمنان اسلام” دادند و این تجمع بدون اغتشاش و درگیری به پایان رسید.^[۴۱۱]
فداییان اسلام و همکاری با کاشانی بر علیه بروجردی:
نخستین اعلامیه «فدائیان اسلام» که با عنوان «دین و انتقام» منتشر شد به وضوح بیانگر روش و منش سیاسی- اجتماعی این گروه بود. «فدائیان اسلام» برای نیل به اهداف خود سنت خشونت، ارعاب و ترور فردی را در مقابل سخن و عمل غیر باب طبع خود، برجا گذاردند.
پیشینه مبارزاتی کاشانی در میدان ستیز علیه ارتش انگلستان گویای آن نوع عمل‌گرایی بود که نواب ‌صفوی جهت دستیابی به هدف خود به آن نیازمند بود. نواب صفوی و «فدائیان اسلام» که سری پر شور و تعجیلی بی‌حد جهت نیل به مقصود داشتند، عمل‌گرایی توام با خشونت و قتل را چون وسیله و تاکتیک دستیابی به هدف ضروری می‌پنداشتند.
به دستور قوام‌السلطنه، در ۲۶ تیر ۱۳۲۵ کاشانی طبق ماده پنج حکومت نظامی بازداشت گردید. او سپس در بهجت‌آباد، یکی از روستاهای اطراف قزوین تحت نظر نگهداری شد. از آنجا که حکومت به او اجازه حرکت و سفر آزادانه در داخل کشور را نمی‌داد، می‌توان از این دوره به عنوان «تبعید دوم» کاشانی یاد کرد.
خبر دستگیری کاشانی به سرعت در تمام مطبوعات آن زمان منتشر شد و موجی از اعتراض را به دنبال داشت. مصدق، طی نامه ای به شدت به نخستوزیر، قوام السلطنه، اعتراض کرد و آزادی کاشانی را خواستار شد. این اقدام مصدق باعث شد تا کاشانی طی نامه ای که از تبعیدگاه خویش به مصدق فرستاد، از ایشان تشکر کند. همین نامه، پیمان دوستی و صمیمیت را بین دو مرد سیاسی و روحانی برقرار کرد.^[۴۱۲]
در ملاقات میان کاشانی و نواب میثاق و پیوندی منعقد می‌شود که هدف آن مبارزه مشترک جهت ایجاد یک حکومت اسلامی است. نواب صفوی، با بیان دیدگاههایش قول داد که در راه اجرای احکام اسلامی و رسیدن به هدف دینی از هرگونه همراهی و مساعدت دریغ نورزد. ^[۴۱۳]
تبلور این ائتلاف کلیدی را می‌توان مدتی پس از بازگشت نواب‌صفوی از نجف در اوایل سال ۱۳۲۶ و بازگشت کاشانی از «تبعید دوم» در خرداد ۱۳۲۶ یافت وبا نخست‌وزیر ی عبدالحسین هژیر، در ۲۳ خرداد ۱۳۲۷ ملاط ائتلاف کاشانی و «فدائیان اسلام» تقویت ومستحکم شد و به فعالیت‌های آن شتاب و عمق بخشید. اگر در اواخر ۱۳۲۶ و اوایل ۱۳۲۷ فعالیت مشترک این محور حول سیاست خارجی و مسئله فلسطین بود از تابستان ۱۳۲۷، عملیات مشترک محور کاشانی- نواب صفوی بر سر مسائل سیاست داخلی قرار گرفت.
کاشانی، در اقدامی در تاریخ ۲۳ خرداد ۱۳۲۷، خطاب به نمایندگان اصناف بازار اعلام کرد که زمامداری هژیر به صلاح مملکت ایران نیست ؛ زیرا که حکومت هژیر به نظرات مردم و روحانیون توجه ندارد. به همین خاطر، از همه بازاریان خواست تا بازار و دکاکین خود را به نشانه اعتراض به دولت هژیر تعطیل کنند.^[۴۱۴]
نواب صفوی، در همه تظاهراتی که کاشانی ترتیب داد، حضور فعالی داشت و نقش مهمی در شکل گیری تجمعات ایفا کرد. در ۲۳ خرداد ۱۳۲۷ جمعیت زیادی بعداز پایان سخنان کاشانی، درحالیکه نواب صفوی سردسته آنها بود، از منزل کاشانی خارج و به سمت بازار حرکت کردند تا بازاریان را به بستن مغازه های خود تشویق کنند . اما مأموران شهربانی مداخله کرده و تعدادی از آنها از جمله نواب صفوی را بازداشت نمودند. در اثر اقدامات کاشانی برخی مغازه های بازار بسته شد.^[۴۱۵] محور کاشانی- نواب صفوی، از طریق بسیج هواداران‌شان در مقابل خانه کاشانی و سپس مجلس، فشار خود را بر حاکمیت افزودند. صبح ۲۵ خرداد نزدیک ۳۰۰ نفر در مقابل منزل کاشانی اجتماع کرده و مصراً خواستار آزادی نواب‌صفوی شدند.^[۴۱۶]
در همان روز، عده‌ای «از کلیه طبقات شهر» از جمله میراشرافی مدیر روزنامه «آتش» در منزل کاشانی اجتماع کردند. حائری‌زاده در ملاقات با کاشانی و چند نفر از سران “فدائیان اسلام” یادآور شد که: “شما که فدایی اسلام هستید، راضی نشوید که زمام امور مملکت به دست کسی سپرده شود که مروج دین بهایی است". نواب صفوی هم روز ۲۶ خرداد آزاد می‌شود و یک راست به منزل کاشانی می‌رود. روز پنجشنبه ۲۷ خرداد، به دستور سرهنگ دفتری، سربازان به روی جمعیتی که توسط محور کاشانی- نواب صفوی بسیج شده بودند و به سوی مجلس در حرکت بودند آتش گشود و به روایتی حدود ۲۰ نفر کشته و بین ۶۰ تا ۷۰ نفر مجروح شدند. سرانجام، هژیر در نتیجه تضادهای درونی هیئت حاکمه و مخالفت محافل روحانی به رهبری کاشانی بیش از پنج ماه دوام نیاورد و در ۱۵ آبان ۱۳۲۷ استعفای خود را به شاه تقدیم کرد.^[۴۱۷]
همان‌گونه که حمله کاشانی به اوضاع سیاسی و اقتصادی نقد عملکرد حکومت شاه و نخست‌وزیر وقت، حکیمی است، اشاره به زوال اسلام و بدتر دانستن وضع آن از دوران یزید را باید به عنوان انتقادی صریح و تند از بروجردی به حساب آورد.در بیانیه‌ای که به تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۲۶ صادر می‌شود، کاشانی وظیفه دینی مسلمین را تعیین کرده و تیغ حمله خود را بار دیگر تلویحاً متوجه بروجردی می‌کند. در این اعلامیه کاشانی در واقع از اخطار به بروجردی فراتر می‌رود و به نظر می‌رسد که استدلالی ارائه می‌دهد برای عدم کفایت او به عنوان مرجعی که به یکی از وظایف عمده‌اش که بایستی کوشش در راه مصالح دنیوی مسلمین باشد، عمل نمی‌کند. از این نوشته کاشانی چنین استنباط می‌شود که از نظر او، بروجردی الگوی مرجعیت نیست، بلکه مرجع کسی باید باشد که هم درگیر امور سیاسی شود، هم در راه امور مسلمین فعال باشد و هم برای پیشگیری از زوال مسلمین شب و روز مجاهدت کند.^[۴۱۸]
نواب در ۱۳۲۹، با چاپ و انتشار جزوه ای باعنوان “کتاب راهنمای حقایق” و با شعار “الاسلام یعلوولایعلی-علیه” اهداف، اصول و شیوه های سیاسی و برنامه حکومت اسلامی مورد نظر خود را که در حقیقت منشور فدائیان اسلام بود، عرضه نمود.^[۴۱۹] در این جزوه فصلی به نام “طریق اصلاح عموم طبقات” وجود دارد که در آن نواب صفوی به روحانیت می‌پردازد. او می‌نویسد: “مراجع تقلید بایستی کسانی که در لباس روحانیت و مرجعیت بوده و صلاحیت این مقام را ندارند و وجودشان ناپاک بوده و در باطن امر دوستان و معاونین دشمنان اسلام و اجنبی‌ها و خائنین هستند در هر کجا که هستند آنان را به جامعه معرفی نموده و از لباس و هدف مقدس روحانیت بیرونشان آرند، تا اسلام و مسلمین از جنایات مرموز آنان مصون و اساس مقدس روحانیت هم از مفاسد آنها منزه ماند.
او می‌خواهد مراجع نه به دلیل عدم کفایت مذهبی، بلکه به خاطر عدم فعالیت سیاسی، مرجعیت غیرسیاسی را خلع کنند تا جا برای مرجعی سیاسی باز شود. نوشته نواب صفوی با در نظر گرفتن فضای آن سال‌ها نشان از آن دارد که مرجعیتی که باید تضعیف شده و از صف روحانیت بیرون رانده شود، به احتمال خیلی زیاد کسی جز بروجردی نیست. در اواخر همین کتاب، فصلی تحت عنوان “ای بشر راست بگو” نوشته شده که، نمی‌توان جهت‌گیری و موضوع روشن آن را کتمان کرد. این نوشتار را باید در شمار بی‌پرواترین و گستاخانه‌ترین حملات علیه مقام مرجعیت، در تاریخ معاصر ایران به حساب آورد. تو ای بی‌وفا بشر ای کاش وفاداری را از سگ آموخته بودی؛ تو برای مرجعیت و ریاست خود آن قدر که کوشیدی به خدا برای حفظ اساس اسلام یک هزارم آن در تمام مدت عمرت کوشش نکردی.^[۴۲۰]
نوشته نواب صفوی سند انکارناپذیری است از عمق خصومت و عناد ساختاری میان محور کاشانی- نواب و مقام مرجعیت در سال‌های ۱۳۲۸ و ۱۳۲۹٫
فدائیان اسلام و رهبرشان به‌دنبال آن بودند که در اندک زمان ممکن مواضع خود را به گوش آیت‌الله بروجردی برسانند. آقای محمدباقر محسنی‌ملایری، از نزدیکان آیت‌الله بروجردی به یاد آورده است: «در آن زمان، در کوچه مسگرها منزل داشتم. مرحوم نواب صفوی با آقایان واحدی و گلسرخی آمدند آنجا و به من فرمودند: «جزوه‌ای چاپ شده هست، چون تو به آیت‌الله بروجردی نزدیک هستی، جزوه را به عرض ایشان برسانید.» جزوه راجع به تعیین وظایف مرجع و روحانیت بود. تا آن را خواندم به آقای نواب صفوی گفتم: «اگر مشکلات مالی دارید، من توسط آیت‌الله بروجردی آن را رفع کنم و اگر ندارید، من این جزوه را به ایشان نمی‌دهم و انتشار آن صلاح نیست.» فردای آن روز رفتم خدمت آقای بروجردی. شرفیاب که شدم چند نفر آنجا بودند. شیخ علی لر بود و دو، سه نفر دیگر. در مورد جزوه متذکر شدم، آقا فرمودند: «این آقایان تکلیف روحانیت را معین کردند!» معلوم شد که جزوه را برای آقا هم فرستاده‌اند. یکی از حضار متذکر شد: «شاید آقای آیت‌الله سیدمحمدتقی (خوانساری) و آقای (سید صدرالدین) صدر از این معانی اطلاع داشته باشند.» یعنی (کار فدائیان اسلام) مورد تایید آقایان باشد. مرحوم آیت‌الله بروجردی رو کردند به حاج‌شیخ اسماعیل معزی‌ملایری فرمودند: «از طرف من بروید خدمت آقای صدر و آسیدمحمدتقی و چگونگی را سوال کنید که آیا (نویسندگان جزوه) مورد تایید شما هستند یا خیر؟» ایشان رفت و بعد از دو ساعت برگشت و اظهار داشت: «آقای سیدمحمدتقی فرمودند: خیر، مورد تایید من نیست. آقای صدر هم فرمودند: من این تکلیف را می‌دانم که معنویات آیت‌الله بروجردی صرفا برای حفظ روحانیت است و باید حفظ شود و من از این جریان اطلاعی ندارم…»^[۴۲۱]
آن‌گونه که محسنی‌ملایری شرح می‌دهد، متعاقب گفت‌وگویی که به دنبال مطالعه جزوه “فدائیان اسلام” انجام می‌گیرد بین هواداران بروجردی و “فدائیان اسلام” درگیری و زدو خورد می‌شود.^[۴۲۲]
آقای سیدمرتضی مبرقعی از منبری‌های آن دوره و از نزدیکان بیت آیت‌الله بروجردی به صراحت درباره نظر نواب صفوی معتقد است: «نواب صفوی آقای بروجردی را قبول نداشت. مثلا عقیده‌اش این بود که آنها (طلاب) بیایند دنبال او. من به نواب گفتم: آخر معنا ندارد ما بلند شویم و بیاییم دنبال تو!»^[۴۲۳]
آیت‌الله سیدمحمدرضا گلپایگانی هم به آقای علی دوانی درباره فعالیت‌های این گروه در قم گفته بود: «پس این همه تعطیل کردن درس‌ها در فیضیه و سخنرانی‌های آنها در فیضیه و صحن و سر و صداها چیست، چرا اعتنا به آقای بروجردی نمی‌کنند؟… حالا آقای نواب که وارد جریان نیست می‌خواهد چه کند، حیف نیست حوزه به این خوبی و آرامی را به‌هم بزنند که معلوم نیست به کجا بکشد؟…»^[۴۲۴]
هدف فعالیت‌های مذهبی محور کاشانی- نواب صفوی در سال‌های ۱۳۲۷-۱۳۲۹ در نهایت چیزی جز بیرون راندن بروجردی از صحنه مذهبی و نهایتاً تغییر مرجعیت و جایگزین نمودن کاشانی یا مرجعی نزدیک به او، به جای بروجردی نبود. این کوشش در واقع در جهت فعلیت بخشیدن به نظر کاشانی بود که مقام مرجعیت مذهبی و رهبری سیاسی باید در هم ادغام شوند.
متعاقب سوءقصد به جان شاه در ۱۵ بهمن ۱۳۲۷، در ساعت یک بعد از نیمه شب ۱۶ بهمن، سرتیپ دفتری رئیس شهربانی وقت به منزل کاشانی رفته، او را دستگیر می‌کند و بنابر روایت عراقی، به او بی‌احترامی کرده و به نحوی ناهنجار او را روانه قلعه معروف فلک‌الافلاک می‌کند.
در پی بازداشت کاشانی، نواب صفوی تعداد زیادی از یاران خود را به قم فرستاد، تا نزد بروجردی رفته و خواستار آزادی کاشانی شوند.^[۴۲۵] بروجردی با این گروه به سردی برخورد می‌کند. در همین اثنا طیف جریان سنت‌گرای مرجعیت و روحانیت برای نشان‌دادن حسن‌نیت خود در خودداری از رویکرد سیاسی تصمیم گرفتند ضمن مخابره تلگرافاتی به شاه جهت تبریک سلامتی جان وی, جلسه‌ای به این منظور تشکیل و تصمیماتی اتخاذ کنند. این نشست با حضور قریب بیست‌تن از علمای برجسته حوزه‌ها از جمله آیات عظام: «بروجردی, حجت, صدر, خوانساری, فیض و… تشکیل گردید و درپایان مذاکرات تصمیم گرفته شد که از عضویت روحانیون در احزاب و اصولاً شرکت آنان در فعالیت‌های سیاسی ممانعت به‌عمل آید و در صورت تخطی فردی از این تصمیم به مجازات خلع لباس برسد.^[۴۲۶] هبه الدین شهرستانی و شیخ عبدالکریم زنجانی هم از عراق سلامت شاه را تبریک گفتند و از سوءقصد به جان او ابراز انزجار کردند روحانیون قم بخاطر ترس از نفوذ حزب توده در حوزه های علمیه ، عضویت طلاب در احزاب سیاسی را ممنوع ساختند.^[۴۲۷]
درست قبل از ۱۵ بهمن نواب صفوی که تازه از مسافرت به شهرستان‌ها و ایلات بازگشته بود، به همراه “برادران” عضو “فدائیان اسلام” سفری جنجال برانگیز به قم می‌کند نواب صفوی به قم رفته بود تا در آنجا برای اسلام سیاسی “فدائیان” یارگیری کرده و هسته‌ای قدرتمند از هواداران و اعضاء “فدائیان اسلام” در حوزه علمیه قم ایجاد کند.
بروجردی به درستی دریافته بود که “فدائیان اسلام” قصد ایجاد یک “ستون پنجم” در قم را دارند. بیمناک از پی‌آمدهای هسته‌ای قوی از “فدائیان اسلام” در حوزه، بروجردی مصمم بود تا از هرگونه دخالت و اخلال ایشان در فضای علمی قم و تضعیف موقعیت خویش توسط آنها جلوگیری کند. بروجردی اعلام می‌کند که خط مشی حوزه علمیه قم و دکترین او بسط و تعمیق علم است و نه درگیری در امور سیاسی زودگذر ، و بر لزوم برچیدن مراکز آنها از مدرسه فیضیه قم پافشاری می‌کرد^[۴۲۸]
تأثیر منفی و دیرپای این وقایع در ذهن کاشانی را می‌توان در نامه‌های او از تبعید در سالهای ۱۳۲۸ و ۱۳۲۹ ردیابی کرد. این مکاتبات بیانگر دل‌آزردگی کاشانی از بروجردی و اعتقاد راسخ او در این مقطع بر مرجعیت متمرکز مذهبی- سیاسی است. شاید بتوان استدلال کرد که چون بروجردی موضع خود را در عکس‌العمل به سیاسی کردن حوزه توسط نواب صفوی نشان داد و بر او آشکار کرد که در مقابل مداخلاتشان در قم نیز شدیداً ایستادگی خواهد کرد، “فدائیان اسلام” نیز مخالفت و حتی عناد خود را نسبت به زیرنظام بروجردی و روش مرجعیت او در نوشته کلیدی خود، “برنامه‌ انقلابی فداییان اسلام” یا “راهنمای حقایق” علنی کردند.
کاشانی کراراً در این دوره، بروجردی را خطر عمده و مهم‌ترین نیروی بازدارنده بیداری مردم معرفی می‌کند. کار کاشانی و نواب که مدعی هستند به نام دین عمل می‌کنند با دو مشکل عمده مواجه است. اول اینکه، بروجردی به عنوان بالاترین مقام دینی، عمل سیاسی آنها را باطل و لغو اگر نه حرام می‌داند و دوم اینکه مردم متدین، به مناسبت تقوای سنتی خود مقلد بروجردی هستند که به نظر کاشانی مردم را دعوت به جدایی دین از سیاست می‌کند.
آیت‌الله بروجردی مرجعیت شاخص فداییان اسلام را برای پیشبرد اهداف مذهبی نه فقط مفید بلکه مخل هم تشخیص داد. او مشی عملی آنها را نمی‌پسندید و در مورد عملکرد آنان ابهامات بسیار داشت. آیت‌الله بروجردی به واسطه دخالت فداییان اسلام در امور حوزه و کمرنگ شدن توجه و علاقه طلاب به امور معنوی، آموزشی و متزلزل کردن حقانیت و قدرت مقام مرجعیت و خلاصه سیاسی کردن جو قم بیمناک بود. بنابر خاطرات یکی از روحانیون, رفتار وی در قبال تندروی‌های طلاب طرفدار فدائیان در حوزه علمیه قم به این شرح بود: برخی از آنان را از حوزه علمیه اخراج کرده, برخی دیگر را به‌طور موقت اخراج کرد. شهریه عده دیگری از آنان را قطع کرد و شهریه برخی را نیز با واسطه, دوباره برقرار کرد.^[۴۲۹]بنابراین فداییان اسلام از جو یخ‌زده و منجمد حوزه علمیه قم که با برنامه‌های سیاسی و عملی آنها مخالف بودند، منزجر شده و به تهران آمدند. آقای محمد یزدی هم افزوده است: «گروه فدائیان اسلام به دلیل بی‌مهری‌هایی که از سوی علما نسبت به آنها شد، مرکز فعالیت خود را از قم به تهران منتقل کردند.»^[۴۳۰]