یکی از پیچیدگی های پیاده سازی ERP، موضوع یکپارچه سازی ماژولهای آن می باشد. تکنولوژی میان افزاری^[۴۳] (نرم افزاری که بین دو یا بیش از دو نوع نرم افزار قرار می گیرد و اطلاعات را در بین آنها ترجمه میکند) برای یکپارچه سازی نرم افزارهای مختلف ERP مورد استفاده قرار می گیرند. اما این تکنولوژی برای همه سیستم های ERP موجود نمی باشند. علاوه بر این اغلب فروشنده گان میان افزار تمایل به تمرکز بر جنبه های فنی آن دارند و از ابعاد فرآیندهای کسب وکار غافل می مانند. در بسیاری از اوقات، سازمانها خود اقدام به توسعه رابط هایی برای برنامه های کاربردی تجاری می نمایند. تحقیقات نشان می دهد که سازمانها بیش از ۵۰٪ بودجه IT خود را به یکپارچه سازی برنامه های کاربردی اختصاص می دهند.

۲-۱۲- ۲- ۱۰ آزمایش سیستم
هریک از کارکردهای سیستم ERP هم به تنهایی و هم در ارتباط با بقیه کارکردها مورد تست قرار می گیرد. بعد از پیاده سازی کل سیستم،آزمایش و تست کامل آن ضروری و مهم می باشد و بدون آن گذر به مرحله دیگر باعث ایجاد مشکلات اساسی می گردد. تست و معتبر سازی سیستم ERP، به منظور حصول از اطمینان کار سیستم از لحاظ فنی و عملی بودن پیکربندی های کسب و کاری می باشد.
زمانیکه فرآیندهای کسب و کار اجرا می گردند، یک تست مهم از چگونگی تطابق فرآیندهای ارائه شده به وسیله سیستم با فرآیندهای مورد نظر سازمان انجام می گیرد.
۲-۱۲-۲- ۱۱ تغییرات فرهنگی و ساختاری
بودرئو و همکارش^[۴۴](۱۹۹۹)، انتظار می رود حدود ۵۰٪ پروژه های سیستم های ERP، به علت تخمین پایین تلاشهای مورد نیاز برای مدیریت گسترده حوزه تغییرات توسط مدیران با شکست مواجه شوند. سیستم های ERP طوری طراحی می شوند که پشتیبانی کننده ساختارهای سازمانی متعددی باشند. در نتیجه سفارشی سازی و پیکربندی یک سیستم ERP مستلزم ایجاد یک ساختار منطقی می باشد که موجب تغییر فراوان در ساختار سازمانی گردیده و راه و روش انجام کارها و تعامل افراد را تحت تاثیر قرار می دهد. بنابراین، حرکت سازمان از طریق انتقال برنامه ریزی شده دقیق بر اساس استراتژی مناسب و متدولوژی مشخص پیاده سازی، مهم می باشد.
۲-۱۲-۲-۱۲ مدیریت و ارزیابی عملکرد
اندازه گیری و ارزیابی عملکرد پروژه ERP یک عامل بسیار بحرانی برای اطمینان از موفقیت پیاده سازی سیستم است. مدیریت عملکرد یک مفهوم یکپارچه کلی می باشد که شامل تمام سازمان و جنبه های محسوس و غیر محسوس بوده و در برگیرنده جنبه های هم افزایی^[۴۵] از طریق یکپارچه سازی می باشد.
در پیاده سازی سیستم های ERP، علاوه بر عملکرد فنی مانند قابلیت اعتماد سیستم، سایر جنبه­ها همانند قابلیت انعطاف پذیری، سرعت، خطوط زمانی، هزینه ها و غیره نیز مورد بررسی قرار می گیرند. ارزش افزوده نیز به صورت منافع مشهود و غیر مشهود و جنبه های استراتژیکی و عملیاتی سازمان پدیدار می گردد. علاوه بر اینها، مدیریت رقابتی را می توان از طریق ارزش افزوده ارائه شده بوسیله سیستم های ERP برای کسب و کار ارزیابی کرد.
بسیاری از محققان گریدی (۱۹۹۱)، کاپلان و نورتون (۱۹۹۲)^[۴۶] روش کارت امتیاز متوازن (BSC)^[47] را که در برگیرنده پنج بعد به نامهای برنامه ریزی استراتژیک، مالی، مشتری ،کسب و کار داخلی و یادگیری و خلاقیت می باشد، پیشنهاد می کنند.
۲-۱۲-۳ مدل Somers and Nelson
این مدل تاثیرات عوامل کلیدی موفقیت را در طی مراحل پیاده سازیERP در۶۸ سازمان که ERP را تکمیل کرده یا در حال تکمیل پیاده سازی هستند، بررسی می کند (سومرز و نلسون^[۴۸] ،۲۰۰۱).
این تحقیق نه تنها مشخص کننده عوامل کلیدی موفقیت می باشد، بلکه آنها را در پروژه های زمانی بر حسب اهمیت نیز مشخص می سازد. این اطلاعات می تواند برای تخصیص زمان و منابع کافی مورد استفاده قرار گیرند.
شش مرحله برای فرایند پیاده سازی سیستم های ERP شناسایی کرده اند. این شش مرحله شامل پروژه، بکارگیری ERP، پذیرش، عادی سازی و تثبیت می باشد.
جدول (۲-۵) نشانگر عوامل بحرانی موفقیت شناسایی شده بوسیله محققان موفق می باشد این عوامل بر اساس اهمیت شان لیست شده اند (کوپر و زماد^[۴۹]، ۱۹۹۰)
جدول۲-۵: عوامل بحرانی موفقیت سیستم ERP